Il Museo, istituito in concomitanza con la prima cattedra di Mineralogia dell'Università di Bologna, deve il suo nome al primo docente di questa disciplina. Bombicci fu anche il primo direttore del Museo, che ha ereditato parte delle collezioni custodite nel Gabinetto di Scienze Naturali dell'Istituto delle Scienze di Bologna.
Si tratta delle collezioni provenienti da Aldrovandi, Cospi, Marsigli ed altri, che, a partire dal 1860, vennero catalogate, incrementate e allestite come Museo, grazie all'opera di Bombicci.
Attualmente il Museo, situato in piazza di Porta San Donato 1, espone, circa diecimila pezzi, un quinto circa del patrimonio totale delle collezioni, suddivisi in sezioni. Vanno messe in evidenza la collezione di meteoriti, quelle di ambre, quella di pietre ornamentali, quella di minerali fluorescenti e quella di pietre preziose e dure. Oltre ai campioni di rocce e minerali, è presente inoltre una raccolta di strumenti ottici. Al Museo è affiancata un'aula didattica, che permette di costruire itinerari di visita specifici per le scuole e di completare il percorso museale con esercitazioni in laboratorio.
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