L'Orto Botanico bolognese ha oltre quattro secoli di storia ed è uno dei più antichi tra quelli legati agli studi universitari. Al tempo della sua fondazione, nel 1568, l'insegnamento della botanica, sin dall'antichità strettamente connesso con le scienze mediche, aveva guadagnato maggiore importanza grazie all'istituzione, nelle principali università italiane, della cattedra di Lectura simplicium, relativa allo studio di piante dalle quali poter ricavare direttamente principi medicamentosi. A Bologna tale cattedra nacque nel 1539 e il suo titolare, Luca Ghini, fu il primo a caldeggiare l'istituzione di un giardino botanico che potesse servire agli studenti di medicina per riconoscere e studiare le piante di uso terapeutico.
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