La sala del Museo Aldrovandi fa attualmente parte del percorso dei Musei di Palazzo Poggi, ma il materiale bibliografico aldrovandiano è rimasto in consegna alla Biblioteca ed è conservato, per evidenti ragioni di tutela e uso, presso il Deposito Manoscritti e Rari. Esso rappresenta,dunque, tuttora, uno dei nuclei antichi di maggiore interesse nella stessa Biblioteca ed è per questo che si vuole dare un accenno alla storia del Museo.
La raccolta fu iniziata probabilmente da Aldrovandi attorno al 1549, dopo il suo soggiorno a Roma, e continuò fino alla sua morte, nel 1605.
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