La sede storica della Facoltà, nonostante il susseguirsi di molteplici vicende, è rimasta nella stessa area destinata all'insegnamento di Filippo Re nel 1804, per molti anni. Nel 1907 la Palazzina della Viola, fabbricato costruito sul finire del secolo XV da Annibale Bentivoglio, venne restaurata a cura della Cassa di Risparmio in Bologna e ridestinata alla scuola di agricoltura.


Nel 1999, in concomitanza con le celebrazioni del centenario della sua nascita, la sede principale della Facoltà di Agraria (ora Scuola di Agraria e Medicina Veterinaria) è stata trasferita dall’area di via Filippo Re in un nuovo edificio presso il Centro Agroalimentare di Bologna (CAAB), in viale Fanin n. 44.
 Tale evento però costituisce l'occasione per un rilancio dell'attività progettuale sia nel campo della didattica che in quello della ricerca, non più soffocata dalla mancanza di spazi e di attrezzature adeguate.