La biblioteca è articolata in sezioni.
Libro antico
Libri e opuscoli pubblicati a partire dal Cinquecento fino al 1830 prevalentemente di argomento universitario: trattati, discorsi, regolamenti, composizioni poetiche, dispute, dissertazioni, prolusioni, saggi storici.
Università di Bologna
Storia dell'Università di Bologna dalle origini ai giorni nostri: fonti storiche, saggi, arte e architettura, singole facoltà e docenti. Alla sezione appartengono i fondi dell'Ottavo Centenario e del Nono Centenario, comprendenti le pubblicazioni edite o donate all'Ateneo in occasione delle celebrazioni del 1888 e del 1988.
Università italiane e straniere
Storia per nazioni e per singole università italiane e straniere, con un'importante raccolta di annuari universitari.
Storia universitaria
Storia dell'istruzione e dell'università in generale, archivistica, diritto e amministrazione universitaria, storia della scienza, edilizia universitaria.
Studenti
Storia degli studenti: saggi storici, memorie, spettacoli teatrali, raccolte di canti, associazioni, goliardia, sport, partecipazione politica e militare a partire dal Risorgimento, movimento studentesco con particolare riferimento al 1968 (Maggio francese e contestazione in Italia e nel mondo) e al 1977. Viene collocata nella sezione anche la notevole raccolta di periodici e numeri unici studenteschi dell'Archivio delle culture e tradizioni studentesche.
Fotografia
Storia e tecnica della fotografia, catalogazione, conservazione, cataloghi tematici o relativi a singoli fotografi, arte e architettura.
Miscellanea
Materiali vari, per lo più manifesti.
Fondi speciali
- Fondo Mazzetti: opere di pedagogia donate dagli eredi del professore bolognese Roberto Mazzetti (1908-1981), docente di pedagogia e storia della pedagogia all'Università di Salerno di cui fu anche Rettore
- Fondo Sironi: libri e riviste donati dagli eredi dell'architetto e decoratore art nouveau Paolo Sironi (1858-1927) e del figlio Alberto.
- Natio Corsa: opere riguardanti la Corsica (storia, geografia, tradizioni, lingua e letteratura) provenienti dall'archivio dei "Gruppi di cultura corsa" - successivamente "Gruppi di azione irredentista corsa" - organizzazione irredentista filo-italiana fondata a Pisa nel 1933 dal medico, poeta e politico corso Petru Giovacchini (1910-1955).