Dispongo, e voglio, che la mia Pinacoteca, osia raccolta de ritratti di Uomini Illustri in Lettere, ed altri che le hanno protette, sia consegnata al signor Ambasciatore di Bologna in Roma, [...] acciò che si prendi la cura di mandarla all'Istituto delle Scienze e dell'Arti, aperto in Bologna, per essere ivi di adornamento alle stanze della Biblioteca ivi esistente. [tratto da INVENTARIO MONTI (1775): Elenchus illustrium virorum quorum pictae imagines e Pinacotheca cl. me. Cardinalis Montij una cum ejusdem Bibliothecae libris Bononiae trasferuntur. Ms. 424 della Bibl. Univ. Biblioteca Universitaria Bologna]
La Quadreria dell'Università degli studi di Bologna nasce per lascito testamentario del Cardinale Filippo Maria Monti, eseguito nel 1754. Il cardinale romano legò all'Istituto delle Scienze e delle Arti la propria ricchissima biblioteca di oltre dodicimila volumi e una raccolta di 403 dipinti, ritratti di cardinali, teologi, scienziati e letterati illustri contemporanei e non. Si venne così a comporre il nucleo originale dell'iconoteca di imagines Illustrium Virorum che, grazie a ulteriori donazioni e acquisizioni succedutesi in special modo nel corso del Settecento, è ora galleria delle glorie intellettuali di quel secolo, culla del pensiero e della concezione del mondo moderno. Una sorta di collezione visiva di exempla di personaggi i cui ritratti sono desunti essenzialmente da modelli calcografici o incisioni derivanti dai frontespizi delle opere che erano nella biblioteca del cardinale e che pittori per lo più anonimi, hanno riprodotto su tela con abile mestiere. La serie principale di questa raccolta è quella dei cardinali, seguita da teologi e filosofi; non mancano gli scienziati tra i quali compaiono i nomi allora scottanti di Copernico, Bacone e Galileo.
A questo primo nucleo vennero aggiunte le effigi dei grandi che avevano sovrinteso alla conoscenza e divulgazione dello scibile - filosofi, poeti, storici, scienziati e dottori della Chiesa - secondo un programma iconografico e una disposizione stabiliti nel particolare da Ludovico Montefani Caprara che ebbe ampio merito nella gestione e nell'aggiornamento dei preziosi materiali della Biblioteca. Ancora al 1756, come testimonia l'elenco stilato dal Montefani, si data la traslazione dal "Pubblico Archivio" alla Biblioteca Nuova dell'antica raccolta di 52 ritratti di uomini illustri bolognesi in lettere composta da Giovanni Nicolò Pasquali Alidosi che da allora in poi si prodigò molto a sollecitare le coscienze dei singoli e delle famiglie nobiliari bolognesi perché contribuissero con opere di mecenatismo e generosità al progetto avviato dal Papa bolognese Benedetto XIV con l'apertura della biblioteca dell'Istituto. Prese così avvio tra le famiglie cittadine una sorta di gloriosa gara nella volontà di legare il proprio nome all'Istituto e alla storia della città attraverso donazioni e lasciti di intere raccolte di ritratti. Nel 1776 il Marchese Hercolani donò i ritratti dei personaggi illustri della propria famiglia dal medioevo all'epoca contemporanea, così fecero anche i Malvezzi Campeggi, i Bolognetti, i Caprara e i Dolfi.
Con la soppressione dell'Istituto delle Scienze, si verificò una brusca diminuzione nell'incremento del numero delle opere che compongono la Quadreria, alla fine del Settecento si era già raggiunto l'88% circa dell'attuale collezione.
I dipinti successivi sono composti in maggior parte da ritratti di professori illustri e dalla serie dei Rettori dall'Unità d'Italia ai giorni nostri. Compaiono, inoltre, opere di genere diverso dal ritratto: paesaggi, nature morte e dipinti a carattere religioso.
Si è giunti dunque alla composizione, come la definisce Enrico Noè, di "un'iconoteca ad archi concentrici" in cui i rappresentanti della storia del sapere universale vennero effigiati nei ritratti della raccolta Monti, i personaggi della storia cittadina rappresentati nei ritratti delle famiglie bolognesi, quelli della storia dell'Istituto e dell'Università nei doni che i professori fecero delle proprie effigi.
Questo importante patrimonio iconografico è oggi esposto nelle sale della Biblioteca Universitaria, in quelle del Rettorato, al Museo di Palazzo Poggi e al Museo Europeo degli Studenti. L'Archivio storico dell'Università ha prodotto un progetto di studio per valorizzare e conservare la collezione: è stata portata a termine la realizzazione di un catalogo unico per tutti i quadri e si è proceduto alla ricognizione fotografica.