Residenza secentesca costruita dalla famiglia bolognese degli Alamandini nella prima metà del XVII secolo, la Villa fu acquistata nel 1773 dal maresciallo genovese Gian Luca Pallavicini, al servizio degli imperatori austriaci.
Nel 1770 qui soggiornò per alcuni mesi l'allora quattordicenne Wolfgang Amadeus Mozart, ospite del conte Pallavicini; durante questo periodo il compositore sostenne l'esame di ammissione alla prestigiosa Accademia Filarmonica di Bologna ed iniziò a comporre l'opera "Mitridate, re di Ponto", eseguita per la prima volta a Milano il 26 dicembre 1770.
L'Università di Bologna, a partire dal 2000, ha ristrutturato la Villa, che è stata sede di alcuni importanti enti universitari quali la Fondazione Alma Mater, l'Istituto di Studi Avanzati, la Scuola di Giornalismo ed il Centro Interdipartimentale di Studi sull'Islam.